「その涙の理由は、五千年前の僕が知っている――」
中南米でマヤ文明の研究を「なんとなく」続けていた青年・舜（しゅん）は、失意のまま帰国し、青森に住む風変わりな叔母・のもとを訪れる。
そこで彼は、眠りにつくたびに鮮明な「縄文時代」の夢を見るようになる。
それは単なる夢ではなかった。
五千年前の三内丸山（サンナイ）で、人々に「精霊」と崇められる謎の“仮面の男”としての記憶だった。
夢の中で舜が出会ったのは、汚れなき瞳を持つ少女・イヒカ。
彼女は一族を代表する「祈り手」の血を引き、その澄んだ声は空を動かす力を持っていた。
舜が持ち込んだ現代の知識や「未来」への警告は、平和だった集落に波紋を広げ、やがて凄惨な「生贄（いけにえ）」の儀式へと繋がっていく。
一方、現代。舜は天才車椅子少年・ジョーと出会い、自分の意識が時空を超えているという驚愕の事実を知らされる。
「タイムトラベラーは、自分の寿命を削って時を超えるんだ」
命を削りながらも、舜はなぜ縄文時代へ惹かれるのか？　
そして、五千年前の自分がイヒカに託した「緑色のヒスイ」に込められた、あまりにも切ない願いとは？

降り止まない雨、龍の咆哮、そして現代の標本室で眠る「五千年前の少女の骨」。 
バラバラだったピースが一つに繋がるとき、考古学史上最大の「恋の奇跡」が明らかになる。

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【登場人物紹介】
舜（しゅん）： 現代を生きる青年。人生に目的を見出せずにいたが、縄文時代へのタイムスリップを通じて、一人の少女を守るために命を懸ける「本気」を知る。イヒカに「マンザーナ（りんご）」という名を贈る。

イヒカ ：五千年前の少女。男勝りで純粋。一族の呪縛や時代の波に翻弄されながらも、舜（仮面の男）との出会いによって、自らの「祈りの力」に目覚めていく。

ジョー（勅使河原 譲二） ：「タイムリープ」を研究する車椅子の天才少年。舜の現象を科学的・霊的に分析し、ナビゲートするが、彼自身もまた、舜とイヒカの運命に深く関わる「ある因縁」を抱えている。

ルミ 舜の叔母で、自称「クレイジー・ルミ」：縄文マニア。舜の最大の理解者であり、現代と過去を繋ぐ重要な手がかりとなる発掘現場へと舜を導く。

タケリ ：イヒカの幼馴染で、集落一の大男。イヒカを誰よりも愛しているが、それゆえに現れた「仮面の男」に対して複雑な感情を抱き、物語を揺るがす重大な行動をとることになる。

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